臺灣北港位于現在被改稱為北港溪的右岸，這座新建的港口城市，是以曾經的海盜據點為基礎改建的。

當初作為海盜的據點，北港還是比較適宜的，因為北港溪入海口這段河道不但迂回，而且分成了許多分岔，除了少數幾條可以通航之外，大多數都已經淤積成了淺水沙洲，不熟悉此地情況的船只很容易就會擱淺。

而北港碼頭又是一座內河碼頭，它距離海岸線還有1公里之遠，入海口的沙洲和岸邊都生長著茂盛的紅樹林。從海岸線往里望去，很難發現這里有一條可以入航的河流。因此它的隱蔽性遠遠超過了，更南面的大員港。

當初便是因為這一點，海盜們才把自然條件更為優越的大員港讓給了荷蘭人停泊船只，而給自己保留了北港。

但是當十八芝海盜集團被招安，北港成為大明在臺灣的官方港口，也是鄭芝龍設想中的大陸貨物轉口港時，北港先天不足的毛病就開始暴露無遺了。

北港溪終究是一條溪流，而不是河流。北港以下地段雖然可以通航，但是北港以上部分卻因為水淺流急，而不能用于航運。

而且北港溪有著臺灣大多數河流共同的毛病，流程過短，上游暴雨則下游洪水，旬月不雨則溪流干枯難以澆灌兩岸開發出來的田地，甚至能夠影響到下游港口的船只停靠。

最讓人頭痛的，還是**時從上游攜帶下來的沙土，不斷的淤積在入海口，形成了大大小小的沙洲，妨礙了港口的擴大工程。

因此雖然此地開發較早，附近已經開拓出了10多個漢人移民村寨，維持港口的人力和物力并不缺乏，但是鄭芝龍對于此地依舊不怎么看好。

就算是修建擴大港口和清理航道，也是猶豫不決，三心二意的。在鄭芝龍看來，北方的雞籠港、南方的大員港，才是臺灣最為出色的優良港口，可以停泊歐式的大船。在次一些，則北面的淡水河也算是不錯的內河航運碼頭修筑點。至于北港碼頭，投入巨大而回報卻遠低于以上這些港口。

不過，北方的雞籠港和淡水河區域才開始從大陸移民，此地還處在當地土人的控制之下，想要將兩個港口開發出來，投入的時間和資源必然是非常驚人的，光靠他的力量是完成不了這樣的投入的。

更不必提，臺灣北部已經被臺灣拓殖公司所預定，有許心素的推波助瀾，加上內府和北方各家商紳在背后出力，就算是他這個臺海巡閱使也不敢去動這些人看上的獵物。

只有南方的大員港，雖然皇帝同荷蘭人簽署了貿易協定，讓雙方之間因為貿易而激化的矛盾緩和了下來。但是在協議里已經注明了，整個臺灣島都屬于大明的領土，荷蘭人所占據的大員港只能作為租借地。

因為這項貿易協議的簽訂，荷蘭人不得不暫時停止了，在一鯤鵬上修建要塞的工程。雖然在鄭芝龍派出人員的監視下，荷蘭人的要塞并沒有完全停止，他們以內部修建人員住所的名義，依然還在偷偷施工，但是進度之緩慢，就連鄭芝龍也沒有放在心上了。

大員港現在又被稱為安平港，它原本是一處天然的海灣，因為外部有七塊大小不等的沙洲阻隔，因此成為了臺灣南方一處猶豫的港口。而想要進入這處海灣，必須經過鹿耳門。

鹿耳門是安平港西南沙洲群中最大的潮汐口，因受海潮沖蝕，遂成出入大灣的重要港道。港道迂回曲折，底部堅石堆積，暗礁盤結，大船不易通行，素有"天險"之稱。

荷蘭人修建的熱蘭遮城就在鹿耳門東面的沙洲上，扼守著這條進入海灣的航道。這座城堡開始建設之前，不過是一座簡單的砦城。原先荷蘭人并沒有看上這里，他們更屬意于臺灣島和大陸之間的澎湖群島。

不過1624年荷蘭人同明軍激戰了8個月，最終被明軍圍困于澎湖島上，在李旦的出面調解下，荷蘭人同指揮明軍的福建官員終于達成了一個約定。

荷蘭人放棄澎湖群島上的基地，而中國人不干涉荷蘭人在臺灣的行動。正是在澎湖群島受挫之后，荷蘭人才意識到了自己的力量局限性，開始轉身經營起了大員港。

以一鯤鵬上的砦城為基礎，開始興建奧倫治城。把城堡取名為奧倫治城，這是為了向偉大的奧倫治家族致敬。但是在1625年拿騷的莫里斯去世之后，國內的共和派再次占據了上風，現在的巴達維亞總督就是一位共和派。

因此在他上任后的第一件事，便是把奧倫治城改名為了熱蘭遮城。在荷蘭人的規劃中，這座要塞城堡，分成內外兩城，內城形方，共筑三層，最下層位于地面以下，作為物資儲備倉庫。