就在張燮率第一分艦隊主力同普特曼斯在閩江口外海激戰時，收到荷蘭艦隊從南澳島北上情報的鄭芝龍，終于率領臺海巡檢司的主力返回了廈門島。

看著自己留在廈門島的船只被摧毀了大半，鄭芝龍也極為憤慨。不過他并沒有因此責備自己留守廈門的親信施福，而是積極的整理手中的力量，準備北上同聯合艦隊一起圍殲這只肆虐了廈門的荷蘭艦隊。

不過鄭芝龍尚未出發，便收到了來自福州的消息，說是聯合艦隊已經在閩江口同荷蘭艦隊初戰獲勝，要求其固守廈門，準備攔截南逃的荷蘭艦隊。

雖然不明白本該從濟州島出發的聯合艦隊為什么會這么快出現在福州外海，但是己方艦隊已經挫敗荷蘭艦隊的消息，頓時激發了鄭芝龍部下的求戰之心。

鄭芝龍也順勢利導的利用這一消息督促部下備戰，并放出了大量漁船作為自己的耳目。五月十四日中午，鄭芝龍的哨探終于發現了南下的荷蘭艦隊行蹤。

熟悉廈門海域地理的鄭芝龍很快就斷定，按照荷蘭艦隊的航行速度，對方必然會在金門島附近停泊過夜。于是他在金門附近安置了幾艘漁船，以確定荷蘭艦隊的停泊地點，自己這邊則開始整軍備戰。

當日黃昏時分，鄭芝龍的哨探看到荷蘭艦隊在金門島南面的料羅灣下碇停泊之后，便迅速駕船返回了廈門，向鄭芝龍報告了自己的發現。

鄭芝龍和部下們商議了一個多小時后，終于決定在明日凌晨突擊荷蘭人的錨地。在第二日凌晨三時左右，鄭軍起身用飯登船，將近五時，船只開始駛出廈門港道。

從廈門港到金門島南部的料羅灣，不過35公里上下，鄭軍艦隊花費了2個小時抵達了料羅灣西面，隨即在此整軍列陣，方才向著3公里外的荷蘭艦隊錨地沖去。

福州外海的挫敗讓荷蘭人士氣大衰，這并不是因為明軍艦隊的強大所至，而是在于他們明明擁有著數量上的優勢，卻被明軍艦隊從容不迫的戲耍挫敗，這讓荷蘭艦隊的成員們開始懷疑起艦隊司令普特曼斯的能力來了。

當普特曼斯下令艦隊南撤時，這條命令其實還是引起了不少荷蘭船長的質疑的。因為初次接戰時的挫敗并沒有改變荷蘭艦隊對于明軍這只艦隊的優勢，他們還是可以同明軍艦隊再次交戰下去的。

可如果他們就此退去的話，就無疑是放棄了此前出戰時的目標，讓這場戰爭無止境的蔓延下去，這對于巴達維亞來說是極為不利的局面。

但普特曼斯也對此無可奈何，艦隊的物資不足是一個方面，另一方面是大多數船長在失敗后都萌生了退意。荷蘭東印度公司畢竟是一個商業公司，巴達維亞此次聚集起來的船只大部分都是武裝商船，這些商船的主人是來東方尋求財富的，而不是來為公司作戰的。

當公司的實力遠遠超過公司的敵人時，這些商船的船主自然會興高采烈的跟隨公司出戰分上一杯羹。但是像如今這樣，對方具有不弱于公司的力量時，船主們就要考慮，繼續作戰下去是否符合自己的利益了。

正是因為熟知這些船主的本性，普特曼斯才想要暫且撤退，選擇一個更為有利的場所同明軍交戰。背靠南澳島，起碼荷蘭人還有幾分底氣，在福州外海同明人交戰，一旦戰局出現不利，那些見風使舵的商船未必不會選擇逃離戰場，畢竟船只一旦受損，他們可游不回巴達維亞去。

只不過普特曼斯順從了大部分船主的意思南撤，卻大大的挫敗了艦隊主力戰船的士氣。這也使得荷蘭艦隊的紀律性迅速敗壞了下來，當然原本荷蘭商船的紀律性也不怎么樣。

不過在瞬息萬變的戰場上，失去了紀律性的艦隊顯然是要遭受懲罰的。因為荷蘭人此前已經把廈門的船只消滅的差不多了，因此他們此次抵達金門島時便失去了警惕性，認為廈門島是派不出艦隊來襲擊他們的，原本在艦隊外圍放哨的船只也沒有按照規定巡邏，使得鄭軍艦隊出現在一公里外時，才有人發現并示警。

鄭芝龍此時也采取了如同普特曼斯突襲廈門港的戰術，他下令100余艘中小型放火船直接沖入了荷蘭艦隊之中放火，而自己則率領55艘大號福船在外圍攔截。

在一片煙霧之中，荷蘭艦隊徹底失去了指揮，所有船只自顧著自家啟碇扯帆逃離，完全沒有幫助同伴抵抗那些靠近的放火船的意思。

就連普特曼斯自己，也在第一時間逃離了這場煙霧和火焰的海上地域，而沒有試圖留下來挽救自己的艦隊。雖然普特曼斯事后為自己辯解說：“…那些中國士兵極為勇敢，他們對大炮、步槍與火焰都毫不畏懼…

他們全部艦隊都裝備成了火船，不是要來交鋒作戰的。相反的，是要來鉤住我們的船就放火燃燒的…在一瞬間火炎就那么驚人地高聳的炎烈起來，實在令人難以置信…”