海達爾雖然撤退了，但是馬守應卻沒有出營追擊，他趁著安集延人撤退的機會，開始了對于葉爾羌軍的整頓。

雖然葉爾羌汗向大明表示了臣服，也邀請了大明朝廷派人前來整頓葉爾羌的行政機構和軍隊組成。但表面上葉爾羌汗國卻還是一個獨立的國家，因此此種行政和軍事的變革并沒有全面的深入下去，埃米爾們在行政和軍隊中依然保持著強大的話語權。

但是隨著沙赫.巴茲伯克和一大批和他一起出戰的埃米爾的死亡，使得這只出征布哈拉汗國的軍隊出現了微妙的變化。

這些遠征軍中的葉爾羌士兵們，從來沒打過這么殘酷的戰爭。葉爾羌汗國內部雖然有著東、西部領主之間的沖突，但是這種內部戰爭中，士兵的傷亡其實并不大，只要戰場上局勢不利他們就可以投降，對面軍隊的將領也很樂意接受投降，或是把他們變成自己的農奴，或是將他們補充進仆從軍去。

歸根結底，大家都是來自于同一個國家、同一個民族，且大多數人的宗教信仰也相同，因此很容易就能消化變成自己的力量。

但是對于安集延人來說，葉爾羌人是不折不扣的外人，哪怕大家信仰的是同一個宗教，也不能改變葉爾羌人是來強占他們土地的事實。在這樣的情緒下，安集延兵對于葉爾羌人也就毫不手軟，很少會去俘虜活人了。

在安集延人的屠殺下，葉爾羌軍很快就兩級分化了，以埃米爾為首的軍事首領們被安集延人的殘暴嚇跑了膽，紛紛打起了退堂鼓。而底層的葉爾羌兵們，因為同鄉或家人被殺，開始變得堅強起來，想要為死難者復仇。

馬守應便是利用了底層士兵們的復仇意愿，加上沙赫.巴茲伯克死后他身為這只軍隊統帥的優勢，把這只軍隊的指揮權徹底的從埃米爾們手中奪了過來。

葉爾羌大營的守軍加上剛剛抵達的后軍和陸續歸來的殘兵，營中的人馬很快便恢復到了五千六、七百的數量。這樣規模的軍隊攻打安集延城大約還不足，但是防守大營卻已經綽綽有余。

馬守應奪取了軍隊的指揮權后，又借口天氣炎熱戰死者的尸體不易保存，加上克雷奇汗需要知道沙赫.巴茲伯克等人的死亡，好給他們繼續派遣援軍和指示，因此便命令營中的埃米爾們帶著沙赫.巴茲伯克等人的尸體返回喀什噶爾報信，并求援。

馬守應的強勢，士兵們的傾向，加上安集延人的兇殘，使得這些埃米爾們雖然口上激烈反對，但是在馬守應下達命令之后，他們還是毫無延遲的踏上了歸程。

待到營中的埃米爾們大多被打發走之后，馬守應便按照明軍的營軍制，將這只葉爾羌軍分成了七營，每營人數在700-900之間。每營又分為五隊，每隊又分為五哨，每哨又分為五棚。一棚為6-10人，棚內兄弟必須同吃同住，以加深彼此之間的關系和了解，避免再出現戰場上逃亡的狀況。

這新編的七營，人數有多有少，戰力也有高有低，因此馬守應又將之分為左右兩翼。戰斗力強的四營人馬編為左翼，他自己親自帶領。戰斗力較弱的三營人馬則編為右翼，由跟隨沙赫.巴茲伯克出戰卻能全身而退的埃米爾亞拉格帶領。

馬守應偵查到海達爾退到距離大營西北約六十里的村子休息了十天，也沒能等到自己出擊而再次向安集延撤退后，便和亞拉格商議，由他帶領右翼三營出兵，掃蕩大營百里以內的村子，將他們遷移到大營后方看管起來。

如此一來，既能夠從這些村子里獲得足夠的物資，也能斷絕安集延從本地區繼續獲得情報和人手，從而讓安集延變成聾子和瞎子。

在亞拉格三營人馬出發掃蕩的時候，馬守應也加緊了對于手中四營人馬的訓練，將這只業余的軍隊變成在戰場上能夠聽從指揮的軍隊。

應該來說，這對于馬守應并不是什么艱難的任務，畢竟在他手下有著大量明軍邊軍出身的親衛，還有二十多名隱藏了身份的明軍低階軍官。

而摒棄了埃米爾們在軍中的職務之后，這些空缺出來的軍官職務除了被馬守應用來安插自己人之外，還提拔了一大批戰場上表現出色的士兵，這一舉動使得他對于遠征軍的整編行動得到了底層士兵們的支持。畢竟在過去，這些低級軍官的職位可輪不到平民來擔任。

馬守應的策略很快就對戰局造成了影響，烏茲根地區的村子里雖然也有一些能夠作戰的牧民，但是面對有組織的軍隊依然是不夠看的。

在亞拉格率隊屠滅了兩個不肯搬遷的村子之后，這一地區剩下的村子便不敢再試圖抵抗這些葉爾羌人，遵照著軍隊的命令帶著家人和糧食財物遷移到了葉爾羌大營的東面，生生在安集延和葉爾羌大營之間造成了一片近百里的無人區。

再無法獲得安集延的庇護下，烏茲根地區終于向自己的新主人表示了臣服。這一地區129個村子中，有89個村子向葉爾羌大營派出了使者和糧車，表示愿意歸降葉爾羌汗國，只求對方不要摧毀自己的家園。