當1581年托馬爾的議會選舉西班牙菲利普二世為葡萄牙國王時，這位西班牙國王曾經許下了一系列莊嚴的諾。他保證葡萄牙議會只應在葡萄牙領土內召開，并保證一切舊有地方的固有法權、自由和法律不受侵犯。所有總督、**及其他重要的高級官員，除了王室提出的人選之外，都應當是葡萄牙出任，教會中的高級職員也是如此。

而西班牙和葡萄牙的殖民地依舊保持原樣，由各自的官員統治。兩國的貨幣也不必統一。就連一切關系到葡萄牙臣民和利益的法律案件，也不必轉離本國進行審理。菲利普二世還保證，將會組建一個六名葡萄牙人組成的參議會來幫助他處理葡萄牙的事務。

總而之，是菲利普二世自己獲得了葡萄牙的王冠，而不是西班牙王國獲得了葡萄牙王國。菲利普二世的表態固然減少了葡萄牙人對他戴上葡萄牙王冠的抵制，但同時也為兩國的關系留下了隱患。

菲利普二世對托馬爾議會議員們的莊嚴承諾，最終還是被他自己、他的兒子和孫子一一推翻了。對于菲利普二世的子孫來說，他們并不承認葡萄牙是一個獨立王國，他們甚至都不認為葡萄牙人擁有和西班牙人在帝國內部相同的地位和權力。這樣的行為自然讓葡萄牙人大失所望，謀求葡萄牙獨立的運動也就埋下了根源。

葡萄牙的獨立運動最早起于克拉托修道院的院長安東尼奧，也就是現在大明皇帝的后妃伊莎貝拉的祖父，他并不認為西班牙國王有權繼承葡萄牙王位，王位應當屬于自己。

這位仁兄為了奪回他所認為屬于自己的葡萄牙王位，曾經在英法兩國來回奔波，試圖獲得外國的資助。英國的伊麗莎白女王拒絕了他，但是亨利三世的母親卡特琳.德.梅迪西卻承認了他是葡萄牙國王。

然而安東尼奧院長也許是在修道院待的太久了，忘記了如何同歐洲王室們進行政治交易。僅僅因為卡特琳.德.梅迪西微不足道的支持，這位修道院長居然就將整個巴西贈送給了法國。安東尼奧的不理智行為頓時讓他失去了葡萄牙人的支持，對于葡萄牙的顯貴來說，與其用巴西來換取一個葡萄人的國王，他們寧可保留巴西承認西班牙國王為自己的國王。

當這位修道院長在法國銷聲匿跡之后，在沒有一個葡萄牙貴族宣稱對于王位的繼承權，這使得葡萄牙公眾的注意力轉到了另一個方向，他們虛構出了一種無法實現的信念，即塞巴斯蒂昂將會回國重新登上王位，將葡萄牙王國從西班牙人手中獨立出來。

塞巴斯蒂昂是葡萄牙王國被西班牙人吞并前的最后一任國王，在葡萄牙人看來，他們的不幸和屈辱都始于國王在阿耳卡塞爾-克比爾戰死開始的。但是國王究竟是否真的死亡了，沒有看到塞巴斯蒂昂尸體的葡萄牙人在經歷了西班牙人給予的屈辱之后，選擇了不相信。

葡萄牙人的這種獨立情結，使得冒充塞巴斯蒂昂的冒險家層出不窮，而這些冒充者無一例外的被西班牙人給處死了。不過西班牙人可以處死這些假冒塞巴斯蒂昂的冒險家，卻無法抹殺葡萄牙人越來越強烈的獨立意愿。

特別是當西班牙深入的卷入了同歐洲各強國之間的戰爭中去后，西班牙人一邊試圖粉碎聯合省的叛亂，一邊處于和英國作戰的邊緣，同時還積極的干預法國的宗教問題。西班牙人四處豎立敵人的后果就是，使得原本和上述三國并無爭執的葡萄牙商船遭受到了法國、英國、荷蘭海盜的襲擊。

葡萄牙人很快就發現，西班牙人挑起的怨恨，最終都會算在自己的頭上。比如1588年西班牙人試圖進攻英國，跟隨著西班牙無敵艦隊出擊的葡萄牙艦隊不僅和全軍一起覆滅了，次年里斯本還遭到了英國海軍的報復。

1594年菲利普國王試圖給荷蘭人施加壓力，沒收了特茹河上的五十艘荷蘭船，并禁止葡萄牙人同荷蘭人繼續有商業往來。這導致葡萄牙人失去了最有價值的貿易主顧和向全歐銷售的渠道。

到了1597年，荷蘭人繞過了葡萄牙人直接前往東方購買香料，導致葡萄牙人失去了對于東方香料的貿易壟斷權力。當1598年菲利普二世國王去世時，葡萄牙人發覺他們為了這位國王陛下已經掏空了國庫，并消失了大部分的海軍和商船隊。

至于接下來的西班牙國王菲利普三世，他對于葡萄牙王國毫不關心，一生中只來過里斯本一次。他對于葡萄牙人許下的空洞諾并不亞于其父，但是卻從來沒有實現過，反倒是多次違反了哈布斯堡王朝同葡萄牙王國簽訂的協議。

1621年菲利普三世去世之時，葡萄牙王國和西班牙王國之間的關系已經極端惡化，獨立意識已經從一小部分貴族擴大到了全體葡萄牙人。

在菲利普三世的統治期間，葡萄牙王國的海外殖民地繼續在萎縮，荷蘭人對于巴西的貪欲已經不加掩飾，西非的葡萄牙殖民地也正處于被歐洲各國的攻擊之中。

1608年荷蘭東印度公司的艦隊攻打了非洲東海岸的莫三鼻給，雖然埃斯特萬.德.阿太德最終守住了莫三鼻給，但是這座城市已經成為了一片廢墟。

之后的數十年里：在印度，荷蘭人入侵了錫蘭；在南洋，荷蘭人奪取了香料群島；在美洲，荷蘭人攻占了巴西東北部…建筑于《托爾德西拉斯條約》之上的葡萄牙殖民地帝國，正在新興的荷蘭、英國、法國等歐洲列強的蠶食下漸漸趨向于崩潰。