另一方面則是察哈爾部被右翼部族聯(lián)軍同明軍聯(lián)手擊敗，明人又繼續(xù)在經(jīng)濟(jì)上封鎖察哈爾部據(jù)有的歸化城的話，察哈爾部不僅沒(méi)有達(dá)到西遷的目的，遠(yuǎn)離戰(zhàn)火，休養(yǎng)生息。還需要同時(shí)面對(duì)后金、蒙古右翼各部和明人的敵對(duì)，這顯然比在遼東時(shí)更為不利。
反倒是遷往了青海之后，察哈爾部還能通過(guò)藏巴汗的關(guān)系獲得一些物資上的支援?，F(xiàn)任的藏巴汗噶瑪?shù)ゅ耐?，為了抵抗格魯派同衛(wèi)特拉蒙古的聯(lián)盟，已經(jīng)數(shù)次派人同林丹汗進(jìn)行了接觸，試圖和他結(jié)盟共同反對(duì)黃教。
黃教，也就是格魯派早在萬(wàn)歷六年就同土默特俺答汗在西海之畔的仰華寺結(jié)成了神圣同盟。俺答汗尊索南嘉措為圣識(shí)一切瓦齊爾達(dá)喇達(dá)來(lái)**，而索南嘉措則稱俺答汗為忽必烈的化身，以忽必烈的尊號(hào)贈(zèng)俺答汗。
因?yàn)橛兄@層關(guān)系，所以漠南蒙古右翼和左翼三萬(wàn)戶信奉黃教的部眾極多，而四世達(dá)來(lái)云丹嘉措就是俺答汗之曾孫。
林丹汗是布延徹辰汗的長(zhǎng)孫，而布延徹辰汗就是被俺答汗所逼迫，被迫遷往遼東的蒙古各部宗主察哈爾部的首領(lǐng)。
也就是說(shuō)，林丹汗如果承認(rèn)了黃教，無(wú)疑就是等于認(rèn)同了俺答汗同黃教的神圣同盟，認(rèn)可了俺答汗是忽必烈的化身，土默特部便享有了同察哈爾部相等的地位，這對(duì)于林丹汗來(lái)說(shuō)是不可接受的存在。
因此藏巴汗噶瑪?shù)ゅ耐ㄌ岢龅姆袋S教同盟建議，自然也就迅速打動(dòng)了林丹汗。但是格魯派在漠南蒙古中的勢(shì)力實(shí)在是太過(guò)強(qiáng)大，即便是此前林丹汗在沙爾呼圖克圖的勸說(shuō)，改宗信奉紅教，也沒(méi)能對(duì)漠南蒙古各部的黃教信仰造成多少打擊，反而使得信奉黃教的蒙古各部對(duì)他產(chǎn)生了不滿。
林丹汗并不認(rèn)為這是自己突然改宗的問(wèn)題，反而覺(jué)得這是同俺答汗結(jié)好的黃教僧侶對(duì)自己的**行動(dòng)，因此對(duì)于黃教就更為深惡痛絕了。
不過(guò)鑒于黃教勢(shì)力在漠南蒙古各部的盛行，林丹汗也不敢輕舉妄動(dòng)，公開(kāi)對(duì)黃教勢(shì)力進(jìn)行打壓。他自己是傾向于留在土默特川進(jìn)行休養(yǎng)生息的主張的，畢竟河套地區(qū)乃是漠南蒙古最為中心的根據(jù)地，只有掌握了這里才可以真正擁有統(tǒng)一蒙古各部的人力、物力和號(hào)召力。
失去了河套地區(qū)的蒙古部族，很難讓人信服是蒙古各部的宗主。就如同當(dāng)年把察哈爾部趕去遼東之后，土默特部就成為了事實(shí)上的蒙古宗主部族。漠南蒙古和漠北蒙古各部都遵從于俺答汗的命令，而不再是拿著蒙元傳國(guó)玉璽，證明自己是蒙古最高統(tǒng)治者的徹辰汗。
但是對(duì)陣蒙古右翼聯(lián)軍和明軍的失敗，和明人對(duì)于歸化城的封鎖，加上這兩年歸化地區(qū)流行的天花等疫病，使得林丹汗也對(duì)繼續(xù)留在歸化有些遲疑不決。
不過(guò)就在林丹汗認(rèn)真考慮，是否要西遷青海，先擊潰西藏的黃教勢(shì)力，從而取得對(duì)于蒙古各部部眾信仰的控制權(quán)力時(shí)，擊敗了察哈爾部的明人卻派人向他們談?wù)撟h和的事情。
在戰(zhàn)爭(zhēng)中取得了勝利的明人表示愿意繼續(xù)支付察哈爾部的市賞，暫時(shí)也不會(huì)要求他們退回遼東去，但是要求察哈爾部同右翼各部休戰(zhàn)，各自劃定放牧區(qū)域等等條件。雖然對(duì)比起之前林丹汗要求接收右翼各部的市賞條件要差上一些，但是卻總算可以讓他有足夠的財(cái)物用來(lái)犒賞部眾了。
簽訂了和約之后，明人不僅主動(dòng)提出了愿意繼續(xù)租借土地進(jìn)行耕種，并繼續(xù)在歸化城進(jìn)行貿(mào)易，而且還雇傭了不少察哈爾部的人員運(yùn)輸貨物前往漠北和林中地區(qū)進(jìn)行貿(mào)易，另外還派出了大夫在蒙古各部中傳授了避天花的法子。
在明人的幫助之下，察哈爾部總算是在土默特川站住了腳步，也恢復(fù)了一些西遷時(shí)損失的元?dú)?。林丹汗雖然覺(jué)得明人的態(tài)度有些軟弱，但是他也不會(huì)在這個(gè)時(shí)候去破壞同明人的關(guān)系，只要有個(gè)三到五年時(shí)間的發(fā)展，他認(rèn)為就算是明人同右翼各部再聯(lián)手，也無(wú)法把察哈爾部從歸化城驅(qū)逐出去了。
然而他的好消息還不止這些，察哈爾部在歸化城的日子正蒸蒸日上的時(shí)候，后金的軍隊(duì)終于不再咬著他不放了，轉(zhuǎn)而繞道去攻擊明國(guó)的關(guān)內(nèi)地區(qū)去了。
明人隨即派出了使者向他求援，請(qǐng)求他派人去抄截這只軍隊(duì)的后路，并承諾俘獲的蒙古人口均歸于察哈爾部。但是林丹汗卻有些遲疑了起來(lái)，老實(shí)說(shuō)他現(xiàn)在真不想去招惹那些女真人。而且明人同后金打個(gè)你死我活，倒是能夠給他更多的時(shí)間用來(lái)休養(yǎng)生息，因此他借故晾了那位大明使者幾日。